С начала 60-х до 1975 г. подразделение именовалось ЮК-25/2, с 1975 по 1993 годы учреждение функционировало как лечебно-трудовой профилакторий г. Оренбурга, в 1993 году его реорганизовали в следственный изолятор №3 (учреждение ИЗ-54/3 УИН МЮ РФ).
Весной 1996 г. началось строительство режимных корпусов, которые должны были соответствовать требованиям европейских стандартов. 27 ноября 1999 года состоялось торжественное открытие ИЗ-54/3. В течение 1999-2019 годов в учреждении проводились строительные и ремонтные работы, направленные на улучшение условий содержания спецконтингента, санитарного состояния камер, коридоров, режимных корпусов, бытовых и складских помещений.
В 2003 году в СИЗО-3 введено в эксплуатацию новое трехэтажное административное здание штаба учреждения, стрелковый тир для проведения с личным составом занятий по огневой подготовке. Построено и оборудовано караульное помещение, питомник и городок для дрессировки служебных собак. Проведен капитальный ремонт камер в соответствии с требованиями европейских стандартов. Все камеры режимного корпуса оборудованы радиоточками. В медсанчасти учреждения и банно-прачечном участке медсанчасти выполнен капитальный ремонт. Спецконтингент состоит из подозреваемых, обвиняемых и осужденных мужчин,
24.11.2019